北見研究室では、ミトコンドリアを起点とする細胞内ネットワークが、疾患の発症メカニズムにどのように関与しているのかを研究しています。
ミトコンドリアは、細胞のエネルギー産生を担う重要な細胞小器官として知られています。しかし、ミトコンドリアの役割はATP産生だけではなく、細胞死、炎症応答、代謝制御、ストレス応答など、さまざまな生命現象と深く関わっています。
私たちは、化合物スクリーニング、疾患モデル、オミックス解析、システム生物学的アプローチを組み合わせることで、ミトコンドリア機能異常がどのように細胞や組織の病的変化につながるのかを明らかにしようとしています。
特に、ミトコンドリア機能の低下に対して細胞がどのように適応するのか、どのような条件でその適応が破綻するのか、そしてその過程を制御する遺伝子や薬剤を見つけることを目指しています。
ミトコンドリアの機能低下は、すべての細胞に同じような影響を与えるわけではありません。同じ遺伝子異常や同じミトコンドリアストレスが存在しても、ある細胞は比較的長く生き残り、別の細胞は脆弱になります。
私たちは、化合物スクリーニングや遺伝学的スクリーニングを用い、疾患に関わる分子経路を網羅的に調べ、ミトコンドリアが分子経路の中でどのような役割を担っているのかを理解しようとしています。
私たちはまず、炎症応答におけるミトコンドリアの役割について研究を始めました。その中で、インフラマソームと呼ばれる炎症応答がスイッチのようにはたらく過程にミトコンドリアのエネルギー代謝が関与していることを見いだしました。また、ミトコンドリア損傷のみでは炎症応答が活性化されるわけではなく、解糖系によるエネルギー代謝との相互作用が必要であることも分かってきました。今後は、神経変性疾患におけるミトコンドリアの役割に研究を広げ、その知見を希少ミトコンドリア病の理解と治療の開発へとつなげていきたいと考えています。
北見研究室の大きな特徴の1つは、スクリーニング技術を用いてミトコンドリア機能や細胞応答を制御する因子を探索することです。
これまでに、ミトコンドリア量、ミトコンドリア機能、炎症応答、医薬品・ナノ材料の毒性などを指標としたスクリーニングを行ってきました。スクリーニングの利点は、最初から仮説を1つに絞るのではなく、多数の化合物や遺伝子を調べることで、予想していなかった経路や制御機構を発見できる点にあります。
私たちは、細胞を用いた単純な表現型スクリーニングを行うだけではなく、同じ化合物セットに対して複数のアッセイを並行して行ったり、特定の細胞プロセスの活性化因子と阻害因子からなるマトリックス型のスクリーニングデータを作成したりします。このような情報量の多いスクリーニングデータを解析することで、新しい疾患メカニズムを同定し、その制御機構を解き明かし、新しい治療法や知見に繋げることを目指しています。
ミトコンドリアは、環境中のさまざまな化学物質に常にさらされています。ミトコンドリアには細菌に似たリボソームが存在するため、一部の抗生物質の標的となります。さらに、HIV治療薬に含まれるヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬(NRTI)はミトコンドリアDNAポリメラーゼを阻害することがあり、ドキソルビシンのような抗がん剤は、カルジオリピンと呼ばれるミトコンドリア特異的な脂質に結合することでミトコンドリアに影響を与えることが知られています。
また、ミトコンドリア毒性は、創薬の段階で予想できなかった薬剤毒性の原因の一つでもあります。さらに、殺虫剤、殺菌剤、魚毒性物質の中には、ミトコンドリアの酸化的リン酸化(OXPHOS)を標的とするものがいくつもあります。
最近では、ナノ粒子がミトコンドリアに対する新しいハザードとして注目されています。ナノ粒子は、電子機器、化粧品、医療などの分野で利用されるようになっています。一部のナノ粒子(銀ナノ粒子など)は、ミトコンドリア損傷を引き起こすことが知られています。
私たちは化合物スクリーニングの技術を用いて、医薬品における新たなミトコンドリア毒性を見いだし、さらにナノ粒子の毒性メカニズムを明らかにしてきました。今後は、ミトコンドリアの脆弱性をより高感度に検出できるアッセイを設計し、ミトコンドリア毒性のメカニズムを解析するための新しい方法を開発していきたいと考えています。
近年のオミックス技術の発展により、複雑なヒト疾患の特徴を明らかにするための豊富なデータが得られるようになってきました。これらのデータセットは、新しい疾患メカニズムの理解に役立つだけでなく、疾患のオミックスマーカーを直接細胞ベースのスクリーニングアッセイへと変換することも可能にします。
私たちが最初に行った化合物スクリーニングでは、2型糖尿病患者の遺伝子発現データをアッセイ系に変換することで、酸化的リン酸化(OXPHOS)を活性化させる天然物の同定につながりました(Nat Biotechnol 2008)。
最近では、私たちは筋痛性脳脊髄炎/慢性疲労症候群(ME/CFS)やインスリン抵抗性に関するオミックスデータの解析に参加してきました。今後も、ヒト疾患データを解析することで、疾患の仮説を組み立て、薬剤スクリーニングに利用できる新しい細胞アッセイの開発につなげていきたいと考えています。
Tran UT, Kitami T. 2024. Chemical screens for particle-induced macrophage death identifies kinase inhibitors of phagocytosis as targets for toxicity. Journal of Nanobiotechnology 22 (1): 621.
興味深いところ: 直径がナノメートル(nm)単位のナノ粒子は、先端材料としてエレクトロニクス、医療、化粧品など幅広い分野で応用されています。しかし、それらが生体内でどのような影響を及ぼすか、分かっていないことが多くあります。この研究では、研究室が今まで使ってきた化合物スクリーニング手法を用い、ナノ粒子による免疫細胞(マクロファージ)への影響を網羅的に解析し、ナノ粒子の特徴と炎症応答の関係性について探索しました。
Tran UT & Kitami T. 2019. Niclosamide activates the NLRP3 inflammasome by intracellular acidification and mitochondrial inhibition. Communications Biology 2:2.
興味深いところ: 化合物スクリーニング手法を炎症機構の解析に用いることで、炎症におけるミトコンドリアの役割を明確にすることができました。このスクリーニングからミトコンドリア阻害剤であるニクロサミド(殺虫剤)が炎症を活性化できることを発見しました。このお薬は、ミトコンドリアだけでなく、解糖系も阻害し、両方のATP産生を止めることで、細胞内カリウム濃度の低下、更に炎症性の細胞死を引き起こすことを見つけました。
Kitami T, Logan DJ, Negri J, Hasaka T, Tolliday NJ, Carpenter AE, Spiegelman BM, Mootha VK. 2012. A chemical screen probing the relationship between mitochondrial content and cell size. PLoS ONE 7(3) e33755.
興味深いところ: ミトコンドリアを標的とした治療薬を見つけるため、細胞内のミトコンドリア量を増やすお薬を探索しました。3万以上の化合物を検証した結果、ほとんどのお薬は細胞のサイズを大きくすることで、一細胞あたりのミトコンドリア量を増やしていました(でも目的としていたミトコンドリアの濃度[ミトコンドリア量 / 細胞サイズ] を増やすお薬はごくわずかでした)。この細胞サイズとミトコンドリア量の比率は、40年以上前にミトコンドリア生物学者であるAttardi博士が発見されたことを [Posakony et al. 1977]、今回スクリーニングで再度見つけました。
Wagner BK*, Kitami T* (co-first), Gilbert TJ, Peck D, Ramanathan A, Schreiber SL, Golub TR, Mootha VK. 2008. Large-scale chemical dissection of mitochondrial function. Nature Biotechnology 26: 343-351.
興味深いところ: ミトコンドリア関連のアッセイ系は、細胞生存のアッセイとしてスクリーニングでよく使われています。しかし、これらを3000個程の化合物スクリーニングでパラレルに検証してみると、必ずしも同じパターンは得られませんでした(このアッセイの性質は他でも詳しく紹介されています)。これらのパラレルに測定した大型データを解析することで、新しいミトコンドリア毒性の発見、化合物の標的の同定、また新しいミトコンドリアの性質の発見などにつながりました。
北見研究室では、以下のような経験を積むことができます。
ミトコンドリア機能解析
細胞培養と疾患モデルを用いた実験
化合物スクリーニング
遺伝学的スクリーニング
炎症応答・細胞死の解析
代謝解析・オミックス解析
画像解析・フローサイトメトリー
論文読解と研究発表
英語での科学コミュニケーション
共同研究の進め方
実験技術を身につけるだけでなく、「おもしろい問い、オリジナルな問いとは何か」「なぜその実験を行うのか」「得られた結果から何が言えるのか」「次にどのような仮説を立てるべきか」を一緒に考えることを大切にしています。
北見研究室では、ミトコンドリア、代謝、炎症、神経変性疾患、化合物スクリーニング、データ解析に興味のある学生の方を歓迎しています。
私たちの研究は、細胞生物学、分子生物学、生化学、免疫学、神経科学、システム生物学が交差する分野です。そのため、最初からすべての知識や技術を持っている必要はありません。大切なのは、生命現象を深く理解したいという意欲と、実験結果を丁寧に考える姿勢です。
研究室では、実験技術だけでなく、研究テーマの立て方、論文の読み方、データの解釈、プレゼンテーション、英語での科学コミュニケーション、共同研究の進め方なども重視しています。将来、大学院、研究機関、企業、医療・生命科学関連分野などで活躍したい方にとって、幅広い経験を得られる環境を目指しています。
[現在(2026~2027)ラボの移行期間のため、新しい学生・ポスドクの受け入れは控えております。研究、留学などのご相談はいつでも可能です。]
見学やオンラインでの面談も可能です。研究内容に興味のある方は、まずはメールでご連絡ください。
北見研究室では、ミトコンドリア、代謝、炎症/ナノ材料、神経変性疾患、化合物スクリーニング、疾患モデル、などに関する共同研究を歓迎しています。
私たちは、特定の遺伝子や経路だけを見るのではなく、細胞全体の応答やネットワークの変化を捉えることを重視しています。そのため、疾患モデル、臨床検体、環境因子、化合物ライブラリー、オミックスデータ、画像解析などを組み合わせた共同研究に関心があります。
お気軽にご相談ください。
研究内容、共同研究に関心のある方は、メールでご連絡ください。
Toshimori Kitami, Ph.D.
北見 俊守
Email: toshimori[dot]kitami[at]riken[dot]jp
([at]を@に変更、[dot]を . に変更)
見学、オンライン面談、研究の相談も可能です。